Сьогодні у виші навчаються 40 000 студентів на 159 спеціальностях. Навчальний заклад відомий своїми науковими досягненнями. Археологи Ягеллонського Університету досліджують секрети старовинних міст у Єгипті, Кіпрі, Центральній Америці та Південній Азії, а дослідження з кардіології, урології та нейрології часто призводять до винайдення нових методів лікування хвороб.
Студенти вишу беруть участь у міжнародних конференціях, стипендійних програмах і програмах обміну Erasmus+. У навчальному закладі працюють 150 студентських об’єднань. У вільний від навчання час студенти можуть стати учасниками музичних груп, академічного театру або спортивних асоціацій.
У 2018 році університет увійшов до рейтингу Європейських Інноваційних Університетів від Reuters. Згідно з дослідженням JU Careers Service, 83% студентів вишу задоволені навчальною програмою, а більшість випускників знаходять роботу не пізніше, ніж через 3 місяці після випуску.