Університет Миколая Коперника в Торуні має 17 факультетів, які формують понад 100 спеціальностей на бакалаврських та магістерських рівнях. Є хімічний, філологічний, фізики та астрономії, математики та інформатики, економічний, історичний, права, теології, мистецтв, біологічний, політологічний та медичний факультет, що знаходиться в Бидгощі. Саме медичний напрям найчастіше обирають для вивчення іноземні студенти, а іншими популярними напрямами є менеджмент, міжнародні відносини та філологія.
Медичний напрям теж ділиться на кілька напрямків, а саме на фармацевтичний, лікарської справи і наук про здоров'я. Навчання тут направлене не лише на підготовку теоретичної частини, але й на відпрацювання практичних навичок на базі двох університетських шпиталів. Також відділення готує докторів наук та допомагає випускникам з працевлаштуванням.
Деякі спеціальності доступні до вивчення не лише на денній формі, але й заочно, а випускники також мають змогу підвищити свою кваліфікацію за допомогою післядипломної освіти, де є близько 50-ти курсів. Вартість навчання коливається залежно від вибору спеціальності, а середня ціна — це 1000 євро за один рік
За наявності Карти Поляка або виду на проживання країни ЄС абітурієнт може вступати до вишу на конкурсній основі з іншими громадянами Польщі та навіть навчатися безоплатно. Для вступу потрібно зібрати стандартний пакет документів, у тому числі атестат про повну середню освіту та сертифікат про володіння мовою навчання.